２８日９时２２分，神舟九号飞船在航天员刘旺的手动控制下与天宫一号成功分离。这也是神舟飞船与目标飞行器第一次实施空间手控分离。

　　三名航天员是在大约３个小时前陆续离开天宫一号的。６时３７分，指令长景海鹏最后一个挥手告别天宫，回到飞船轨道舱，关闭天宫一号实验舱舱门。

　　此前，他们已经把空间科学实验中采集的样本和数据从天宫一号转移至飞船返回舱，并通过重新设置将天宫一号恢复到与神舟九号对接前的状态。

　　航天员系统总指挥陈善广表示，组合体飞行期间，所有航天空间医学实验已按计划顺利展开，获得了大量有价值的数据和成果。经过后续深入分析处理后，这些数据将有助于航天医学发展和空间站阶段航天员长期在轨飞行的保障技术研究。

　　在完成余下的在轨空间技术试验之后，航天员将在２９日上午踏上回家之路。目前，着陆场系统已做好飞船返回舱搜索回收准备。

　　与飞船成功分离的天宫一号正在从交会对接轨道进入自主运行轨道，转入长期运行管理状态，等待与下一艘飞船交会对接。

　　作为我国目前最大的载人航天器，天宫一号的设计寿命为两年，其间计划进行６次交会对接。自２０１１年９月２９日发射升空以来，天宫一号已在轨飞行２７２天，与神八、神九飞船共计进行了４次交会对接。

　　“从目前运行情况来看，天宫一号的实际寿命很可能不止两年。”飞船系统总指挥何宇告诉记者，目前天宫一号供电能力良好，推进剂消耗不到四分之一，备份设备都没有启用，随着产品设计的不断优化、飞行方案的周密实施以及质量的严格控制，飞行时间可能大大延长。

　　“一切还在设想当中。”何宇说，“不过有一点可以想象：如果天宫一号在轨运行状况足够好，它有可能与将来发射的天宫二号目标飞行器共游太空。”